誠に申し訳ございませんが、透明文字付きPDFファイルを作成すると
透明文字がずれてしまう現象は、読取革命におけるPDFファイル転送の際の
ソフト仕様となります。

下記に詳細をご案内させて頂きます。

読取革命では、画像情報からOCR機能でテキスト情報へ変換して
おりますが、フォントサイズを元原稿と完全に一致させることが出来ない
場合は、元原稿と比較してフォントサイズやフォント間の誤差が発生
いたします。

また、Acrobat Readerの検索機能を有効に活用できるようにする為に、
テキスト情報は文字列単位でPDFファイルへ転送しております。
このため、文字間隔による誤差が発生し、透明文字列と画像文字との間に
ずれが発生することがあります。

フォントサイズやフォント間が小さい場合、認識文字は左詰めとなるため、
元原稿に比べ、透明テキスト文字が左寄りになります。

誠に申し訳ございませんが、ご了承頂きます様お願いいたします。